Nel 1657 la commenda passò nelle mani di Paolo Rapacciolo sotto il quale risorsero vecchie questioni giurisdizionali tra il monastero e i vescovi d’Anglona-Tursi. Successe a questi il cardinale Piccolomini, poi il cardinale Lorenzo Brancati di Lauria e, infine, il cardinale Boncompagni nel 1696 che, essendogli stata conferita la sede arcivescovile di Bologna, lasciò l’amministrazione a suor Maria Giroloma Buoncompagni, sua sorella. Nel 1783 Ferdinando IV abolì la commenda e il monastero ritornò all’antica organizzazione interna; all’abate competeva l’amministrazione delle rendite e la guida spirituale. Questa per il monastero non era che l’inizio della fine.

Infatti venne emanata la legge di soppressione dei monasteri resa generale da Gioacchino Murat nel 1809. Il giudice di pace, Giacomo Astore, ebbe l’incarico di eseguire la soppressione con l’intervento di un delegato del sindaco e di quattro periti. Nel monastero si trovavano tre monaci sacerdoti. L’abate, D. Michele Pecci di Tramutola, era già morto e «niuno poteva essere eletto abate se prima per lo spazio di tre anni o più, ad arbitrio della Dieta, non era stato sperimentato con l’ufficio di Priore del governo nel zelo, osservanza, abilità ed economia». Priore dei tre monaci era D. Luca De Luca di Gallicchio. Molti beni vennero incamerati dallo stato, vennero sottratti arredi sacri, mobili, quadri e volumi della biblioteca nonostante che di tutto si eseguisse un regolare inventario, come si può riscontrare negli archivi dell’Intendenza. Alcuni beni passarono alla chiesa parrocchiale e altri furono venduti a vari cittadini di Carbone, «tra questi compiangiamo soprattutto la dilapidazione della biblioteca ricca tra l’altro di molti greci volumi, e l’archivio pieno di preziosi monumenti di storia che abbiamo irreparabilmente perduti».

Restarono in piedi le sole mura che già erano state pochi anni prima baluardo del paese. Ma contro di queste si estese la durezza del fato e l’ingratitudine di alcuni cittadini. Lo Spena conclude la sua storia con queste parole: «Le mura stesse furono abbattute siccome sogliono con la caduta de’ padroni i monumenti abbattersi dell’odiata signoria. E’ terra incolta dove fu Troia»