L’operato del cardinale mirò in un primo momento al recupero dei beni del monastero sottratti da Aurelia, cognata di Cesare Roggiero, che lasciata da quest’ultimo «padrona e signora delle cose, agiva a suo piacimento nei beni della chiesa». Aurelia prese diplomi, manoscritti, buoi, pecore e capre e «una parte venne spinta verso Taranto e un’altra verso Laurenzana. (…) Si dovette sudare a lungo contro la donna, che resisteva con indomita ostinazione», ma alla fine gran parte dei manoscritti e diplomi vennero recuperati. Dopo questo il Santoro si dedicò alla ristrutturazione e all’ampliamento del monastero, perché «gli dava fastidio l’angustia del luogo». Dotò la chiesa e il sacrario di molti ornamenti e di un corredo di paramenti sacri «dopo aver tolto l’antico sudiciume da far vergogna anche in una casa privata, tanto più nel tempio di Dio» fece togliere dalla chiesa i gradini di legno sostituendoli con quelli di mattone, ricostruì il campanile e restaurò il vecchio palazzo cadente, al quale aggiunse nuove stanze, e dotò il tutto di un grande parco Fece anche una ricognizione di beni, censi, diritti, recuperando antiche scritture, affidando a Federico Mezio il compito di riprodurle dal greco al latino (come riferisce il Menniti nell’anno 1581).

Quest’opera di ricostruzione documentaria, come afferma A. Lerra, si venne a concretizzare nella compilazione della Platea del 1577-1578. Dell’operato del cardinal Santoro bisogna ricordare l’attuazione della “separazione delle mense” imposta da Gregorio XIII e che serviva a dare un sostentamento ai monaci e a consentir loro di non dover più mendicare. Questo documento, stipulato a Roma il 28 settembre del 1581, si rinviene nella già citata Platea del 1741 ai ff. 75-86 e pubblicato anche dallo Spena nella sua Storia. Tutto questo fece il cardinale Santoro nel tentativo e con la speranza di ridare al monastero lo splendore di cui aveva goduto; tentativo in gran parte non raggiunto, per quello che lascia intendere il nipote Paolo Emilio Santoro nelle pagine finali della sua Historia, probabilmente a causa dei baroni del tempo che cercarono sempre di impadronirsi dei beni e possedimenti del monastero. «Apriamo la porta e offriamo ai baroni l’ingresso nei templi per far saccheggiare i beni della chiesa a chi non è mai sazio di preda né lo sarà mai. Stanno, essi, con la bocca spalancata, e a distruggere le fortune dei vassalli, e, spinti da immane furore, bramano ardentemente le rendite ecclesiastiche, desiderosi (se fosse possibile alle loro forze) di sradicare dagli animi dei mortali ogni sentimento religioso».

Cercò di continuare l’opera dello zio, Paolo Emilio Santoro, arcivescovo di Cosenza nel 1617 e poi d’Urbino nel 1623. Sotto il governo di questo commendatario sorse il santuario di S. Maria del Soccorso nella contrada Gordio, a devozione del popolo carbonese il quale chiese ed ottenne nel 1604 dal vicario generale dell’arcivescovo Santoro, D. Giovanni Pagano, sacerdote di Caserta, il permesso di edificare la cappella. Nel 1606, fece edificare il campanile della chiesa di S. Luca in cui era apposta un’iscrizione lapidea nella quale si legge: «P. Aemilius Sanctorius Casertanus anno MDCVI, e inoltre lo stemma della sua famiglia inciso in pietra contenente il pellicano». «Ma il maggior beneficio per avventura di tutti gli altri c’egli medesimo e dei suoi predecessori fecero alla stessa commenda, fu la storia del monastero».

Dopo Paolo Emilio Santoro, venne nominato come suo successore il cardinale Giovanni Battista Pamphili, eletto pontefice nel 1644 con il nome di Innocenzo X che si impossessò delle pergamenedell’Archivio e dei codici delle Biblioteca e li trasferì a Roma nel suo palazzo. Rimasta vacante la commenda, venne affidata a Francesco Angelo Rapacciolo nel 1645 sotto il quale avvennero dei tumulti che si conclusero tragicamente. Infatti nel 1647 scoppia a Napoli la rivoluzione capeggiata da Tommaso Aniello, detto Masaniello, in occasione di una nuova tassa sul consumo della frutta ma che si trasformò subito in una rivolta antinobiliare. L’eco di tali rivolte, soprattutto dopo la morte di Masaniello, si diffuse in tutto il regno. «I carbonesi avversi ai monaci e commendatarii e a chiunque avesse ed osasse contro di loro signoria e prepotenza, ebbero luogo a sfogare il loro rancore. Essi assalirono il monastero e lo saccheggiarono. Il cardinale commendatario teneva per suo vicario un tale D. Giovan Francesco Giorgetta. I carbonesi presero due cavalli che costui teneva per uso del cardinale ed ucciso un religioso chiamato D. Alfonso Gesummaria, di nazione spagnuolo, e mozzogli il capo lo attaccarono ad un olmo che sorgeva allora innanzi la chiesa e poscia secossi. Il vicario Giorgetta ebbe la ventura di schivare con la fuga un simile complimento»