I vescovi d’Anglona avevano cessato da lungo tempo di guardare con occhio favorevole il monastero di Carbone, che aveva domini ed esercitava giurisdizioni che essi reclamavano come proprie; ed ora che esso era decaduto ed il rito riguardato con disprezzo come rito straniero di una chiesa scismatica, quest’ultimo che occupava la sede ed aveva ereditato tutti i pregiudizi dei suoi predecessori, non era possibile lasciasse perdere l’occasione di umiliarlo nella persona del suo abate». Il giudizio del vescovo fu contrario a Romano che doveva presentarsi di nuovo a Roma. Ma il principe di Bisignano non aspettò la sentenza definitiva e fece arrestare Romano rinchiudendolo per otto mesi in una prigione di Senise.

Intanto la S. Sede per proteggere il monastero contro ulteriori usurpazioni da parte dei suoi potenti vicini, nominò Paolo di S. Sosti , della diocesi di S. Marco Argentano in Calabria, primo commendatario. Questi, otto anni dopo, con il consenso e l’autorità di Papa Sisto IV trasferì la commenda a favore di Roberto Sanseverino, figlio di Luca principe di Bisignano, diventando così il padrone delle entrate del monastero. L’affidamento di grandi e ricchi complessi monastici ad abati commendatari fu, nella maggior parte dei casi, la causa principale della loro rovina. In un primo momento le commende erano state introdotte a buon fine a favore degli ecclesiastici secolari ma col passare del tempo la commenda diventò un modo facile e riconosciuto per concedere proprietà ecclesiastiche a famiglie potenti che ebbero cura di non rinunziare più al diritto su di esse. «Facevano quel che volevano con le terre, le affittavano o le vendevano intascandone il prezzo. Carpivano tutto ciò che aveva un valore come quadri e manoscritti; i fabbricati e le chiese dei monasteri andarono in rovina, gli uffici e le cerimonie non potevano aver luogo per mancanza di vestiario e di libri (…) I monaci lasciati senza mezzi di mantenimento o di educazione diventarono dei mendicanti, ignoranti senza altra aspirazione che quella di procacciarsi cibo sufficiente a sostenere la vita, incapaci financo di leggere qualunque libro essi avessero lasciato».

Per quanto riguarda il periodo della commenda, e quindi le vicende riguardanti il monastero in età moderna, di grande aiuto è la “Regia Platea S. Eliae Prophetae venerabilis ac vetustissimi Carbonensis Monasterii ordinis S. Basilii Magni, 1741”, che si trovava nella biblioteca privata della famiglia Cascini in Carbone, ora donata alla Biblioteca Provinciale di Potenza. La “Platea” c’informa sulla successione e sull’operato dei vari commendatari, delle relazioni con i vari affittuari ecc. Con Roberto Sanseverino, il monastero perse altri beni e svanì la speranza di poter riavere i feudi di Policoro, Scanzana e Calvera. Suo successore fu Alessandro che difese le giurisdizioni del monastero contro le pretese del vescovo d’Anglona e dei principi di Bisignano.

Dopo il governo relativamente tranquillo di Lelio della Valle, subentrò Giovanni Gesualdo «connivente con il principe di Bisignano, che di fatto finì col ridurlo alle sue dipendenze, abusando a piene mani della proprietà del monastero. (…) Alla sua morte il commendatario si lasciò andare a Carbone ad ogni sorta di vendetta contro presunti traditori, non risparmiando il monastero, del quale diroccò mura, sfece pavimenti, ruppe l’atrio del palazzo, cancellò le immagini dipinte di antecessori archimandriti, buttando fuori dalla loro sepoltura finanche le ossa dei morti». Seguirono poi i commendatari Ferdinando Roggiero, Ludovico Roggiero suo fratello, e Cesare Roggiero nipote di Ludovico. Per evitare nuovi contrasti a causa delle mire espansionistiche dei vicini feudatari e le pretese dei vescovi di Anglona-Tursi, il Papa Pio V, affidò la commenda a Giulio Antonio Santoro.